MBBR sistemleri, atık suyunu en uygun şekilde arıtmak amacıyla diğer işlemlerle birlikte farklı kaynaklardan gelen atık sularının (evsel, şarap imalathaneleri, mandıralar vb.) arıtılması için kullanılabilir: BOD (biyokimyasal oksijen ihtiyacı)‘un giderilmesi için anaerobik arıtımdan sonra; yüksek BOD/ COD (kimyasal oksijen ihtiyacı) arıtmalar için aktif çamur sistemlerinden önce, mevcut tesislerin (lagünler, oksitleme havuzları ve aktif çamur tesisleri) geliştirilmesi- dönüştürülmesi için ya da azot gidermesinde yeni düzenlemelere uygun olması amacıyla mevcut aktif çamur sisteminde ön arıtım işlemi olarak.

MBBR sistemleri 20 m3/gün ile 10.000 m3/gün arasında çok çeşitli atık su debilerine uygulanabilir.

MBBR sistemleri yoğunluğu sudan daha az olan küçük biyokütle taşıyıcılar (0.93-0.95 SG) içerir. Bu taşıyıcılar, bakteri üretimi için geniş korumalı bir yüzey alanı sağlar ve alanların biyoreaktör içerisindeki aktif biyokütleleri muhafaza etmesini sağlar. Biyofilm taşıyıcıların özgün tasarımı sayesinde sistem, çalışma sırasındaki değer sapmalarından (pH, sıcaklık, toksik şok) korunur ve bu da çeşitli yükleme dalgalanmalarına uygun oldukça dayanıklı bir sistem ortaya çıkarmaktadır.